国民政府设外交部、财政部、军事部和秘书处，分别以胡汉民、廖仲恺、许崇智为部长；聘鲍罗廷为国民政府高等顾问。此外，还设有大理院、惩吏院和监察院。就职权分工而言，国民政府为行政机关，大理院为司法机关，监察院与惩吏院为监察机关。国民政府没有特设立法机关，既无国会，亦无立法院。国民党中央执行委员会及其政治委员会实际可视为最高立法机关。考试院未设立，但在监察院内特设考试科，兼行考试权。国民政府初立，尚未形成完备的五权制度，但形式上已略具五权分治之雏形。
国民政府在民国政制上是一个创新的体制。除了委员制和五权分立的组织精神外，主要体现在党治上。国民政府初建，在孙中山所定的革命程序上属于军政时期。根据孙中山以党治国的遗教，国民政府是执行党治的机关。《国民政府组织法》第一条即规定：“国民政府受中国国民党之指导及监督，掌理全国政务。”其后国民政府组织法虽屡经修改，此一条文始终保留未变。以党治国的原则首次正式以法律的形式确立并付诸实施。尽管国民政府初期只辖有广东一省，但它的建立，标志着中国历史上第一个“党治”政权产生。